Fundado em 1963 na Universidade de São Paulo (USP), o espaço teve como base o acervo do antigo Museu de Arte Moderna de São Paulo (MAM). Em 2013, ganhou sua segunda sede, em frente ao Parque do Ibirapuera - um complexo arquitetônico criado por Oscar Niemeyer nos anos 1950. Nas últimas três décadas, ampliou suas coleções modernas e contemporâneas, com importantes nomes como Pablo Picasso, Tarsila do Amaral, Anita Malfatti e Lygia Clark.